חדרי הניתוח בבית החולים האוניברסיטאי אסותא אשדוד הם מהמתקדמים ביותר בעולם, המערך הניתוחי ממוקם בקומה תת קרקעית ממוגנת המאפשרת המשך תפעול שוטף של מערך הניתוחים גם במצבי חירום.
חדרי הניתוח הגדולים והמרווחים צוידו במערכות המולטימדיה המתקדמות ביותר, שיאפשרו לרופאים לקבל בזמן אמת ובמהלך הניתוח את כל ההיסטוריה הרפואית של המטופל, לרבות בדיקות דימות שביצע בעבר.
בנוסף, יאפשרו המערכות לשדר את הניתוח בזמן אמת, למטרות הוראה, למידה והתמחות, וזאת מתוקף היותו של בית החולים אוניברסיטאי ומסונף לאוניברסיטת בן-גוריון בנגב.
הקירות המתועשים שנבנו בכל החדרים יאפשרו לשמור על סטרליזציה מירבית ויתרמו להפחתת הזיהומים והטכנולוגיות החדשניות בחדרי הניתוח יאפשרו יכולת ניתוחית ברמה הגבוהה ביותר, כל זאת תוך שמירה על בטיחותו של המטופל.
בבית החולים יפעלו 8 חדרי ניתוח כלליים וחדרי ניתוח לניתוחים אמבולטוריים, בנוסף לשני חדרי ניתוח בהם יבוצעו ניתוחי עיניים ושני חדרי ניתוח הממוקמים במחלקת יולדות, בהם יבוצעו ניתוחים קיסריים.
בבית החולים מבוצעים רוב סוגי הניתוחים, לרבות ניתוחים גדולים, ביניהם ניתוחים אורתופדיים, ניתוחים גינקולוגיים, ניתוחים אורולוגיים, ניתוחי ילדים, ניתוחי אף אוזן גרון, ניתוחי עיניים וכירורגיה כללית.