הרופא מסמן במחשב את האתרים אותם יש להקרין, וכן את האיברים הצמודים לגידול על מנת להפחית ככל הניתן את החשיפה לקרינה. הרופא נעזר גם בצילומים אחרים שנעשו לפני הגעתו של החולה לסימולציה (CT, MRI, PET CT), ולעיתים אף מצליב בין הצילומים האלה לבין הדמיית CT לצורך דיוק מירבי בתכנון הטיפול. אחרי שסיים את הסימון, הרופא מעביר את התוכנית הראשונית לפיזיקאי עם הגדרות מדויקות לגבי מנות קרינה לגידול וכן החשיפה המותרת לקרינה של האיברים הסמוכים.
צוות הפיזיקאים מתכנן את התפלגות מנות הקרינה. הוא בוחר את שיטת ההקרנה האופטימלית (זוויות וכיווני קרינה, ויסות מנות קרינה וכו'). הפיזיקאים מזינים גם נתונים שהוגדרו על ידי הרופא לאלגוריתם תכנון מנות קרינה במחשב. כתוצאה מתקבלת תוכנית המבטאת מפת פיזורי מנות אשר מוצגת לרופא לאישור הסופי.
לעיתים קרובות, בגלל סיבות רבות (כגון גודל הגוש, סמיכות איברים רגישים לקרינה, מבנה אנטומי יחודי של החולה וכד'), הפיזיקאי מייצר מספר תוכניות שייבחנו בקפידה על ידי הרופא תוך כדי שכלול יתרונות וחסרונות יחסיים, עד בחירת התוכנית האופטימלית. כל תוכנית כזו נבחנת בנוסף על ידי פיזיקאי ראשי ואם כל הנתונים יימצאו תקינים, התוכנית עוברת את תהליך בקרת האיכות ומאושרת.
משך התהליך יכול לנוע בין מספר שעות לבין מספר שבועות, תלוי במורכבות ובדחיפות המקרה.